Comme stipulé dans l’article 9 du Dahir N° 1-00-199 (19 mai 2002) portant promulgation de la loi n°01-00 portant organisation de l’enseignement supérieur, les universités sont administrées par un conseil parmi les membres duquel, sur la base de la parité entre les membres désignés et les membres élus, un conseil de gestion chargé des questions administratives et financières est constitué. Le conseil de l’université crée en son sein des commissions permanentes, et le cas échéant, des commissions ad hoc (article 14 du même dahir).

Décret n° 2-01-2326 du 22 rabii I 1423 (4 juin 2002) fixant les modalités de désignation et d’élection de membres des conseils des universités.

La Faculté des Sciences Appliquée est un établissement d’accès ouvert affilié à l’Université Ibn Zohr-Agadir. Il est dirigé par un Doyen nommé par le chef du gouvernement selon le processus fixé par la loi 01-00. Le Doyen est secondé par des Vices-Doyens et un  Secrétaire Général. 

Comme les établissements de l’enseignement supérieur, la Faculté des Sciences Appliquées dispose d’instances de gouvernance telles que Le Conseil de l’établissement duquel émanent six commissions : (1) La Commission de la Recherche, (2) La Commission Pédagogique, (3) La Commission de Suivi Budgétaire, (4) La Commission Formation Continue et de Partenariat, (6) La Commission de Discipline et (7) La Commission de Communication.